Według chromosomowej teorii dziedziczności Morgana geny leżą na chromosomach w stałym, liniowym porządku, a każdy gen ma swoje miejsce, czyli locus. Geny z jednego chromosomu dziedziczą się razem, bo trafiają do tej samej gamety, i dlatego nie podlegają niezależnej segregacji. Heterozygota AB/ab ma allele A i B na jednym chromosomie homologicznym, a a i b na drugim.
Gdy w profazie I mejozy dojdzie między tymi genami do crossing-over, powstają gamety zrekombinowane Ab i aB. Gamety AB i ab, takie jak u rodzica, nazywamy rodzicielskimi. Im dalej od siebie leżą dwa geny, tym częściej crossing-over rozdziela ich allele. Odsetek gamet zrekombinowanych wyraża odległość: 1 % rekombinantów to 1 cM. Dla genów leżących daleko lub na różnych chromosomach odsetek ten dochodzi do 50 %.
Z odległości dwóch par genów da się ustalić kolejność trzech genów. Jeśli A i B dzieli 10 cM, B i C 4 cM, a A i C 14 cM, to odległości się dodają, więc gen B leży między A a C. Gdyby odległość A–C wynosiła tylko 6 cM, środkowy byłby gen C.